Deportivo Hualgayoc (Hualgayoc, Cajamarca), Escuela Municipal Binacional (Arequipa, Arequipa), Racing Club (Sánchez Carrión, La Libertad) y Sport Rosario (Huaraz, Áncash) llegaron a Lima y, más precisamente al Estadio Nacional para disputar la Finalísima de Copa Perú 2016. Así, tras el sorteo a mitad de semana para definir el fixture de esta fase final, los cuatro equipos conocieron la última parte del camino que llevará a dos de ellos (campeón y subcampeón) al profesionalismo. 

La primera fecha de la Finalísima 2016 se disputó entre 4 equipos de altura, lo que dará como resultado sí o sí en 2017 una plaza más para las ciudades de altura. Los partidos se desarrollaron así:

Sport Rosario 1-1 Deportivo Hualgayoc

Goles: Johan Martínez 15' (DH); Jesús Torres 36' (SR)

Escuela Municipal Binacional 0-1 Racing Club 

Gol: Roy Jáuregui 13' (RC). Expulsado Mayk Inglesie (RC) por doble amarilla a los 58'. 

La tabla marcha de la siguiente manera: 

1. Racing Club (La Libertad)                        3 (+1) 

2. Deportivo Hualgayoc (Cajamarca)         1  (0)

3. Sport Rosario (Áncash)                            1  (0)

4. EM Binacional (Arequipa)                         0  (-1)

La fecha 2 se disputará así:

Sport Rosario (Áncash) vs. Escuela Municipal Binacional (Arequipa)

Deportivo Hualgayoc (Cajamarca) vs. Racing Club (La Libertad)